问题1：港口与航道施工总承包二级企业资质变更的费用是多少？
资质变更的费用因地区而异，在不同的省市会有不同的标准。根据不同的标准，费用也会有所不同。
一般而言，二级资质变更的费用在几千元到几万元不等。具体的费用还要根据当地的承包模式、土地使用费、政策环境以及工程的施工规模等因素进行评估。
问题2：资质变更的申请流程是怎样的？
首先，施工企业需要在当地工商行政管理部门或者相关部委的官方网站上下载并填写资质变更申请表格，必要时还需要提供相关的资料。填写完表格后，施工企业需要交纳相应的资质变更申请费用。
随后，工商行政管理部门会进行资质审查，对企业的资质、财务、技术等方面进行审核，如果符合相关要求，就会颁发相应的资质证书。
问题3：资质变更需要准备哪些材料？
资质变更申请需要提供已取得的承包资质证书、境内注册的企业营业执照、企业信用证明、税务登记证、组织机构代码证、法人代表身份证明、安全生产许可证、环境管理体系认证证书等多种材料。具体资料请查询当地工商行政管理部门或者相关部委的官方网站，以不同省份的规定为准。
问题4：资质变更需要注意什么问题？
在进行资质变更申请时，企业需要注意以下几点：
认真审查相关材料，确保申请所需材料的准确性和完整性；
按照相关要求制作并递交资质变更申请材料；
保持良好的文明素质，与工商行政管理部门、专业评审机构等建立良好的沟通与联系；
及时支付相关费用。
经过以上几个步骤，企业就可以完成资质变更程序，获得新的承包资质证书。
